Alle skabninger er dannet af celler som indeholder kromosomer. Rotter har 42 kromosomer i hver celle undtagen kønscellerne (æg eller sædcelle) som kun har 21. Når rotter parrer sig er halvdelen af moderdyrets kromosomer i ægget, og halvdelen af faderdyrets kromosomer er i sædcellerne. Sådan kommer kombinationen af æg og sædcelle til at give et foster med 42 kromosomer. Kromosomerne er delt ind i forskellige gener (dominante og recessive) der påvirker fysisk udseende. Husk på at hvert æg og hver sædcelle indeholder en forskellig kombination af kromosomer der bliver givet videre, det er grunden til at søskende er forskellige i udseende på trods af at de har de samme forældre.

Hvert gen har en plads på kromosomet som bliver kaldt for genets locus. Loci (flertal for locus) definerer hvor et givent genetisk træk findes på kromosomet. Forskere opdager nye loci hele tiden.

Hver locus indeholder to gener. Et gen er arvet fra hver forælder. Generne for et bestemt træk kan være enten dominante eller recessive, afhængig af forældrene. Disse dominante eller recessive udgaver af gener betegnes som alleler.

Når det samme gen (allele), enten dominant eller recessiv, optager begge positioner på locuset betegnes det som et homozygotisk træk. (Forstavelsen homo betyder samme eller ens.) For eksempel: En homozygotisk agouti rotte (A/A) har "A" allelen i begge positioner af agouti locusen. En homozygotisk ikke agouti rotte (a/a) har "a" allelen i begge positioner på locusen.

Når modsatte alleler optager den tilsvarende position på en locus kaldes trækket heterozygotisk (forstavelsen hetero betyder modsat). Et eksempel ville være en heterozygotisk agouti (A/a). Rotten vil se ud på samme måde som en homozygotisk agouti (A/A), men heterozygoten vil bære den recessive "a" ikke-agouti allele.

Visse træk er recessive og nogle er dominante. Hvis et træk er dominant er det repræsenteret af et stort bogstav, og behøver kun en dominant allele (heterozygotisk) for at komme til udtryk. Hvis den ene forælder er homozygotisk for et dominant træk vil alle afkommene udvise det træk. Hvis et træk er recessivt skal det være homozygotisk for at komme til udtryk, betydende at begge forældre skal bære genet for at trækket viser sig i et eller flere afkom.

Uden at blive alt for kompleks.. Der er endnu et sæt gener kendt som modifier eller polygener. Disse genetiske modifiers har ikke deres egne loci, istedet klæber de sig fast på forenelige gener og ændrer deres effekt. (Se Locus C). Polygener er ansvarlige for styrken af visse træk. Nogle sorte rotter har en dyb kulsort pels, mens andre har et mat grå-sort udseende. De udviser begge en sort pelsfarve genetisk, men deres polygener kan variere med den svage forskel i styrken til følge. Det samme gælder for rex pelsede rotter; nogle er meget krøllede, mens andre har let kruset pels. Du vil aldrig få et super udseende dyr af show kvalitet fra at avle "bob-bob" rotter. Avlere tager dyr der besidder de ønskede træk og parrer dem med andre der er genetisk kompatible og også deler de ønskede træk.