Den første skole i Nimtofte blev bygget af Justitsråd Peter Fogh til Ryomgaard i 1735, og degnene i Koed fungerede i Nimtofte indtil 1775, hvorefter degnene i Tøstrup passede skolen indtil 1814. Derefter blev der ansat lærer og kirkesanger. I mange år hørte Kærende i Koed sogn til Nimtofte, men i 1888 byggedes der skole i Elholt.
1896 blev der ansat en lærerinde, da der blev flere børn i byen, og i 1908 byggede man en ny og anselig skole på Ramtenvej, hvor møbelforretningen er beliggende i dag. Den gamle skole tæt ved præstegården fik lov at stå til hen omkring 1980, da den blev nedrevet for at give plads til boliger og parkering.
Skolen på Ramtenvej fungerede i over 50 år, men i 1960 var den også blevet for lille, og man besluttede at opføre en ny skole her på stedet. Den skulle også huse elever fra den nedlagte Tøstrup Centralskole. Det var en stor opgave for sognerådet, men skolen blev planmæssigt opført og kom til at koste ca. 1,5 million kroner – kun en lille overskridelse af budgettet. Skolen fik navnet Bauneskolen. Flere børn fra Nimtofte gik gennem årene på Ryomgård Realskole, og i de senere år blev de ældste klasser overført til Kolind Centralskole.
I 2009 besluttede Syddjurs kommune at nedlægge Bauneskolen, men ved en fælles indsats fra byens indbyggere lykkedes det at skabe grundlag for at danne en privatskole, som under navnet Nimtofte Friskole ligger her i de samme bygninger.
Den først kendte lærer er O. G. Holm fra 1846-66, F. C. Munch fra 1866-97, Hans Birkelund fra 1897-1928.
Birkelund var en betydelig person, der involverede sig meget i forskelligt lokalt arbejde. Han var bl.a. formand for Foredragsforeningen, Plantningsforeningen, Landsforeningen ”Bort med tobakken”, Håndværker- og Borgerforeningen samt Hjælpekassebestyrelsen. Desuden var han medlem af Menighedsrådet gennem flere år.
Han var også talsmand for den grundtvigske bevægelse i byen, der bl.a. stiftede Foredragsforeningen. Af senere lærere kan nævnes Aksel Høj, der var lærer i en lang årrække.
Af lærerinder nævnes H. Jansen, B. Pruzs og V. Warming.
