Som medlem af EU er Danmark (og dermed både Aalborg Kommune og Region Nordjylland) omfattet af de for EU-landene gældende regler for at beskytte den biologiske mangfoldighed og diversitet i naturtyper, dyr og planter i EU.
EU´s mål for naturbevarelse er udmøntet i EU’s naturdirektiver – fuglebeskyttelsesdirektivet og habitatdirektivet, der har til formål at beskytte naturtyper og dyre- og plantearter, der er karakteristiske, truede, sårbare eller sjældne i EU.
Alle medlemslande SKAL gennemføre regler, der svarer til direktivernes formål og beskyttelseskrav, herunder udpege en række områder, kaldet Natura 2000-områder, der tilsammen danner et netværk af beskyttede områder i hele EU.
Det følger således af Habitatbekendtgørelsen, Bekendtgørelse nr. 408 af 1. maj 2007 om udpegning og administration af internationale naturbeskyttelsesområder samt beskyttelse af visse arter, at der i dansk ret, skal fastsættes regler om, at myndighedernes administration af miljøbeskyttelses- og naturbeskyttelsesregler skal tage hensyn til bilag IV-arternes yngle- eller rasteområder.
Hvert enkelt Natura 2000-område er følgelig udpeget for at beskytte bestemte naturtyper og arter. Udpegningen af natura-2000 områderne er derfor sket med udgangspunkt i nogle af habitatdirektivets bilag IV-arters konstaterede levesteder.Det gælder for eksempel for klokkefrø, damflagermus, odder og stor vandsalamander. Disse arter er dermed ”dobbelt beskyttet”.
På Egholmlinjen er der konstateret **, der er en af de dobbeltbeskyttede arter.
I Danmark er der udpeget 252 Natura 2000-områder. Det dækker over 113
fuglebeskyttelsesområder og 261 habitatområder, hvoraf følgende berøres af Egholmlinjen:
- Natura 2000-området på Egholm
- Natura 2000-området i Østerådalen
- Natura 2000-området Øland
I Natura 2000-områderne gælder "forsigtighedsprincipet". Det betyder, at det skal kunne udelukkes, at de arter eller naturtyper som er en del af udpegningsgrundlaget, vil blive påvirket negativt af en driftsændring. Tilsvarende gælder ikke i forhold til beskyttelse af bilag IV-arter, der ikke er en del af udpegningsgrundlaget eller som forekommer udenfor Natura 2000-områderne (se habitatvejledningen).
Endvidere gælder, at alle afgørelser m.v. vedr. sager i Natura 2000-områder,
skal bygge på den bedste videnskabelige viden.
